Situación
Al noroeste de la Comunidad de Madrid y a tan sólo 37 kilómetros de la capital se encuentra este pequeño municipio que en sus apenas 31,06 km² conserva una gran variedad y riqueza paisajística. El asfalto y el hormigón que desde la gran urbe se extienden en todas direcciones aún respetan estas tierras, protegidas en gran parte (dos tercios del municipio) por su pertenencia al Parque Regional de la Cuenca Media del Río Guadarrama; sorprende la visión de parajes de gran valor ecológico y paisajístico con la silueta de la ciudad al fondo.
La topografía del municipio es bastante regular y no muy accidentada, ocupa parte de la denominada rampa de Galapagar, solamente al sur el Río Aulencia ha labrado al oeste cañones de cierta importancia, el resto es un paisaje de cerros y lomas modeladas por los numerosos arroyos que vierten al Río Aulencia.
La cota máxima 914 metros se localiza al norte en la denominada Casa de las Latas y desde aquí el terreno desciende de forma más o menos unifor me hasta el vértice meridional del municipio donde se localizan las cotas inferiores, apenas unos 615 metros. Se observa claramente el tránsito de un paisaje serrano, al norte, a otro mesetario, al sur.
El agua en Colmenarejo está presente en su paisaje y su vida. Todo su término municipal pertenece a la cuenca del Guadarrama y parte de él (166 km²) se encuentra inundado por el embalse de Valmayor, el segundo de mayor capacidad de la Comunidad; sus márgenes son uno de los lugares de mayor interés paisajístico y donde se pueden practicar la pesca y algunos deportes náuticos. Además de este embalse, el Aulencia se ve detenido un poco más abajo por la Presa Vieja o Embalse de Valmenor, que aunque en la actualidad está prácticamente colmatado, por lo que no se recomienda aproximarse a sus orillas, cuenta con un paraje de un gran valor ecológico. Son muchos los arroyos que corren por la rampa de su municipio y todos buscando y terminando en el Río Aulencia.
Pero el agua en Colmenarejo no sólo corre por su superficie, en el subsuelo es también abundante, a poca profundidad la roca madre (granitos principalmente) es de escasa permeabilidad lo que mantiene un nivel freático elevado que aflora con facilidad, esto unido a manantiales más profundos que aprovechan fisuras (diaclasas) en la roca para salir, da como resultado una gran cantidad de surgencias, unas permanentes y otras de carácter estacional. Eran famosas las fuentes de la zona septentrional por la calidad de sus aguas: El Pozuelo, El Navazo, Prado Fuente … aunque actualmente por distintas circunstancias van desapareciendo. Desde muy antiguo era conocido y aprovechado este fenómeno, cuando la ganadería era una actividad principal, era frecuente practicar pequeñas excavaciones en el suelo que sin necesidad de una gran profundidad se llenaban de agua y eran útiles para dar de beber al ganado. En la actualidad aún podemos encontrarnos alguno de estos hoyos por el término municipal.
El clima, como corresponde a su situación geográfica, en el extremo meridional de la Sierra de Guadarrama, resulta algo frío en invierno y caluroso en verano.
La temperatura anual media ronda los 13ºC y la precipitación media los 637 mm, siendo las estaciones más lluviosas el otoño y el invierno. La primavera y el otoño son suaves pero no muy largos.